旧县志载：“明嘉靖二十三年甲辰秋大疫，人死者十之二。”此后，疫病屡有发生。据调查，民国25～38年(1936～1949年)，全县各地传染病、流行病十分猖獗，病死率高，总人口数徘徊在13万上下。民国32年城关、禾口发生伤寒，民国34年又流行“乙脑”，民国35年全县“流脑”大流行，民国37年天花大流行，民国38年麻疹大流行。疟疾、痢疾、肝炎等病则连年流行，不少乡村还有麻风病人。旧时代医药奇缺，人们用接种较好的牛痘痂皮调乳汁代替疫苗预防天花。至40年代初期，县卫生院曾组织人力下乡种牛痘，但以城关学生受益较多。此外既无防疫措施，也无卫生保健宣传。

　　1950年，县成立防疫委员会，制定《组织管理暂行办法》及《工作细则》，组成防疫大队，下设3个分队，在全县范围内开展普种牛痘、预防注射、巡回医疗、卫生宣传和隔离麻风病人等卫生防疫工作。1953年，省疟防站从永安迁宁化(1955年改县疟疾防治站)，开展以疟疾为主的传染病调查防治工作，较为主要的工作有如下几方面。

　　疟疾　　1957年调查10个区乡2647人，年发病率为28.1%，以间日疟为主，恶性疟和三日疟分别占16.5%及14.7%。通过发动群众消灭蚊子，疟疾发病率逐年下降，1976年发病率首次降至万分之一以下。1977年，本县与江西石城等7县、本省建宁等3县组成抗病联防。1982年参加南方七省(区)灭疟后期管理与监测科研协作试点，开展发热病人疟原虫血检，加强流动人口管理和疫点处理。1985年经省、市考核，经全国疟疾专题委员会委员、南方协作组顾问、组长等3人现场观察，确认宁化年发病率已降至10万分之一以下，为全省第一个、全国第二个基本消灭疟疾的县。与此同时，近10年未查到嗜人按蚊，基本消灭了微小按蚊。1985～1988年，未再发现当地感染疟疾病例。