嘉庆六年，匪徒陈亚本、陈烂屐四相继于郡境行劫抢掠，百姓不得安宁，秉绶向提督孙全谋请兵往捕，不应；于是率民环呼，又不应；乃领衙役70余人夜捣匪巢，擒获亚本，余匪逃入羊矢坑。嘉庆七年，惠州大旱，陈烂屐四串通勾结不法役吏趁机抢掠，又适博罗绞犯越狱，总督吉庆仓皇失措，提督拥兵不前，秉绶每每愤懑请兵益力，触怒吉庆，遂以“失察教匪”被罢官入狱，遣戍军台。惠州士民见秉绶无辜谪戍，哭诉于途，恳请奏留，士绅叶廷勋等又为其竭力奔走，吉庆见士民势众不可侮，只得许秉绶随营办事，免戍军台。未几，吉庆以在粤“措置失当”，被嘉庆帝罢职诇察，自杀身亡。会新督倭什布巡视惠州，士民数千为秉绶鸣冤，倭什布将实情呈报朝廷，奉嘉庆皇帝命，秉绶免罪平反。

　　嘉庆十年，扬州水灾，两江总督铁保荐举秉绶，前往南河、高邮、宝应勘察灾情。他驾一小舟，遍历村庄，不避暑雨，亲自查阅赈灾帐册，核发银米，严禁胥役克减，深得民心。旋奉命就任扬州知府。时扬州连年水灾，他一如既往，深入民间，“饥咽脱粟饭，渴饮浊流水”，与百姓同甘共苦。下河灾民三万余人逃荒到府城，秉绶劝富商巨室捐输六万余金，于寺庙立棚厂，安置饥民，依人口赋米赈钱，又于每邑置粥厂，以食贫黎。有灾民鬻耕牛以食，秉绶除设厂施粥救济外，按牛估值当质以贷，招雇专人牧养，许可来春取赎。越年，风雨顺和，农民得牛耕种，获得好收成，百姓歌功颂德。嘉庆十二年，秉绶调任河库道，旋又调两淮盐运使。任职两月，父丧，回宁为父治丧。居家八年，见城墙倾圮，出千金倡修。家乡遇到饥荒，他竭力动员商富平价粜米，并捐义田二百石。倡修广济、龙门二桥，筹措钱银万两。